2005年に北海道新幹線の新青森 - 新函館間が着工され、青函トンネルについては貨物・夜行列車なども引き続き通れるように三線軌条とし、上下線の間に遮風壁を設ける事、トンネル両側の津軽今別駅と知内駅に待避施設を建設する事になっている。2007年には保安装置の動作確認などの試験目的で、上下線6kmの三線軌条化工事が行われた。また、これらの工事のために吉岡海底駅は休止された。

これとは別に、当初の予定通り青森側・北海道側にそれぞれターミナルを建設して「カートレイン」を運行させようという構想もあるが、実現の目処は立っていない。