年現在、トンネルとして世界一の長さ<ref>海底部の総距離では英仏海峡トンネルに次ぐ世界第2位。</ref>。津軽海峡の海底下約100mの地中を穿ち、設けられた。全長は53.85 km。約53.9キロであることからゾーン539の愛称がある。なお、青函ずい道と表記されていたこともある<ref>運輸省 「新幹線鉄道建設に関する整備計画」 1973年11月13日。</ref>ほか、トンネル出入口の扁額には青函隧道と表記されている。

青函トンネルの木古内方には、非常に短いシェルターで覆われたコモナイ川橋梁、さらに長さ約1.2kmの第1湯の里トンネルが続いており、合計約55kmの一体化したトンネルのようになっている。

青函トンネルを含む区間は海峡線となっており、北海道函館市 - 青森県青森市間を結ぶ津軽海峡線の一部だが、新幹線規格で建設されており、将来北海道新幹線も通る予定になっている。

長大なトンネル内の安全設備として、列車火災事故などに対処するため、青函トンネル途中（海岸直下から僅かに海底寄り）に消防用設備や脱出路を設けた定点という施設が2箇所設置された。これは1972年に国鉄北陸本線の北陸トンネル内で発生した列車火災事故を教訓にしたものである。開業後、この定点をトンネル施設の見学ルートとしても利用する事になり、吉岡海底駅と竜飛海底駅と命名された。この2つの駅は、見学を行う一部の列車の乗客に限り乗降できる特殊な駅である。トンネルの中間地点には青色と緑色の蛍光灯による目印がある。

また、意外と知られていないところで青函トンネルは通信の大動脈でもある。 青函トンネルの中には開通当時の日本テレコム（現ソフトバンクテレコム）が光ファイバーケーブルを敷設しており、北海道と本州を結ぶ電信・電話の重要な管路となっている。