台湾島と澎湖諸島、金門島などの離島との間は船便によっても結ばれており、航空路線が発達した今日でも利便性がある。台湾島と澎湖諸島を結ぶ船便は高雄港（台華輪）・台南安平港（今日之星）・嘉義布袋港（満天星客輪）から毎日出ている。

尚、台湾島と緑島・蘭嶼を結ぶ船便は台東富岡港から、台湾島と金門島を結ぶ船便（金門快輪というフェリー）は高雄港から、台湾島と馬祖列島を結ぶ船便（台馬輪及び合富輪）は基隆から、それぞれ出航している。

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