現在日本との間には、チャイナエアラインやエバー航空、日本航空、全日本空輸、キャセイパシフィック航空、ノースウエスト航空、ユナイテッド航空が台北や高雄と成田空港との間にそれぞれ1日1便から数便を就航させている他、福岡空港や那覇空港、中部国際空港、新千歳空港、関西国際空港、仙台空港にも定期便を就航させている。また、近年の北海道旅行ブームに伴い、函館空港や釧路空港、旭川空港などの北海道内の空港へのチャーター便も多く運航されている。

なお、1972年に日本と中華人民共和国の間に日中共同声明が出され国交が築かれたことに伴い1974年4月に締結された日中航空運輸協定内の条項に基づき、2002年まで中華民国の航空会社は1978年に開港した成田空港への乗り入れを禁止されていたため、羽田空港に乗り入れていた。