航空機は台湾島と金門島などの各離島を結んでいる他、主要都市を結んだ高頻度運行サービスを提供しており、料金も割引チケットを使えば鉄道やバスと遜色ないので人気は高い。

中華民国の航空会社としては、日本では成田空港や中部国際空港、福岡空港などに乗り入れているチャイナエアライン（中華航空、China Airlines）が有名であるが、最近では成田空港や関西国際空港、新千歳空港、福岡空港、仙台空港などに乗り入れているエバー航空（長栄航空、Eva Airways）も急速に乗り入れ都市を増やしたことから日本に浸透してきている。これらの航空会社以外にも、中華民国には遠東航空、復興航空、立栄航空や華信航空などがある。なお、これらの航空会社のいくつかはチャイナエアラインやエバー航空の子会社である。

国際空港としては、台湾桃園国際空港、高雄国際空港、台中清泉崗国際空港があり、最近では、花蓮空港を国際空港に昇格させる計画もある。