中華民国では、沖縄県地域を「琉球」と称し、貿易統計の項目や世界地図の色分けでも「日本」と「琉球」を区別してきた。これは、同地域が琉球処分までは独立国（琉球王国）として明および清朝と冊封関係にあったこと、また、米国による日本への沖縄返還が中華民国政府との協議を経ずに進められたことを不満として、沖縄県地域に対する日本の主権を認めるか否かについて態度をあいまいにしているためである。したがって、（沖縄県の日本本土復帰後に発行されたと思われる）「中華民國全圖」の地図において沖縄県と中華民国の間に国境線がないのはミスによるものではない。

査証業務などを取り扱う実質的な中華民国領事館にあたる台北経済文化代表処についても、かつては東京（台北駐日経済文化代表処）と那覇（中琉文化経済協会駐琉球弁事処）で（別の国として）異なる組織による代表部を置き続けていたが、那覇の弁事処については2007年2月に「台北駐日経済文化代表処那覇分処」に改名された。詳細は台北経済文化代表処の項を参照。