2003年自由民主党の比例区における73歳の定年制導入により、2003年の総選挙では、自民党の比例区からの出馬が出来ず、立候補を断念し引退した。

中曾根は中選挙区制から小選挙区制への移行に際し、比例北関東終身1位を約束されていた。しかし「特例をもうけていいのか」と全国の県連などから批判があがり(群馬県連でも世代交代を求める声があった)、小泉純一郎総裁は中曾根と宮沢喜一の両長老に引退を勧告した。一度、党執行部が約束したことを、小泉総裁が一方的に破棄して中曾根に引退勧告したことは、一部で「きわめて非礼なものである」との批判も呼び、中曾根は「政治的テロだ」と強く反発した（詳細は上州戦争を参照）。なお、中曾根は宮沢とともに、第42回衆議院議員総選挙では、特例により比例区定年制対象外となっている。

現在は砂防会館内に個人事務所を設け各種政治活動を行う他、財団法人世界平和研究所の会長も務める。同研究所では中曽根康弘賞を創設し、世界の平和・安全保障に期す研究業績を表彰している。

2005年10月28日、党新憲法起草委員会が新憲法草案を発表した。中曾根が前文小委員長として前文をまとめたが、発表された草案では内容が変更されていた（中曽根原文はより大幅に簡略化された内容となる）。

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2008年9月3日付の読売新聞朝刊に、9月1日に辞任会見を行った福田康夫に関する文章を寄稿。文中で「我々先輩の政治家から見ると、2世、3世は図太さがなく、根性が弱い。何となく根っこに不敵なものが欠けている感じがする」と述べている。

2008年12月7日には自宅で転倒し右肩を骨折して入院したが順調に快復し、2009年3月7日に開かれた鳩山一郎没後50年の会合でも演説するなど90歳を迎えた現在も健在である。