1818年の二度目の危機の時にはスランプに陥っていたが、ホモフォニー全盛であった当時においてバッハの遺産、対位法つまりポリフォニーを研究した。対位法は中期においても部分的には用いられたが、大々的に取り入れる事に成功し危機を乗り越えた。変奏曲やフーガはここに究められた。これにより晩年の弦楽四重奏曲、ピアノソナタ、『交響曲第9番』、『荘厳ミサ曲』、『ディアベリ変奏曲』などの音楽の後期の代表作が作られた。