• この作品の連載開始前に「地獄先生ぬ〜ぼ〜」という、ほぼ同じキャラクター・設定による読みきり作品が掲載されたことがあるのだが、森永製菓の商品に「ぬーぼー」という同音のものが存在したため、今後仮にアニメ化となった時に協賛がライバル企業だった場合どうなるかを考えた上で連載開始以後の作品においては名称が「ぬ〜べ〜」に変更されている。なお、このときの作品およびエピソードは「ぬ〜べ〜」のコミックス第1巻と第3巻の巻末に収録されており、第1巻収録の作品はテレビアニメ版の第1話に採用されている（「ぬ〜べ〜」本編の第1話とほぼ同じ構成でもある）。

読みきり作品とは別に「ぬ～べ～ニューヨークへ行く」という番外編の作品が掲載された事がある、1998年頃にジャンプ本誌に掲載されたがコミック版、文庫版ともに未収録である、（未収録である理由ついては明確にされていないが作中に実在する施設の名前が出ている事が影響しているとみられるようである。）

• 当時ジャンプで行われていた「1/2広告」というページの下半分を使った広告が存在したが、本作第9話において暗黙のルール（ページ左側に掲載する）を知らずに右側に掲載してしまった。その後、他の作家が同じく右側に掲載してしまった際に「ぬ～べ～でやっていたから…」と理由を語ったと言う。この事件から余計なトラブルの元になるということで、1/2広告や1/3広告は行われなくなった<ref>文庫版1巻P218</ref>。