2006年1月より漫画が文庫サイズで発売。巻数は全20巻。各巻には著者とキャラクターの対談による開発秘話や雑談が掲載されている他、構想だけ練られてお蔵入りした描き下ろし漫画「九月のレクイエム」（文庫版4巻）、登場人物ゆきめに関係した描き下ろし漫画「二人のゆきめ」も収録（文庫版第12巻）。そして、原作から7年後のキャラクター達のその後を描いた「さらにそれからの地獄先生ぬ〜べ〜」などが収録（文庫版第20巻）されている（ジャンプに掲載された「ぬ〜べ〜ニューヨークへ行く」のみが単行本未収録である）、またセリフの一部に現在では不適当と思われる会話の一部が変更されていたり、商標や肖像権の問題上、店舗や人物などの細かい名称が変更されていたり、抹消されていたりしている場合がある。また、その関係で2作品がタイトル変更になっており、本誌での掲載順と入れ替わっている。