ストーリーの傾向は実に多種多様であり、パターン化されないよう作者の試みが生かされた<ref>文庫版14巻より　読者のマンネリが来ないように、いろいろやってみたとコメント</ref>。生徒や町民に襲い掛かる妖怪や悪霊を倒すバトル中心の展開だけでなく、本格的なホラーや、ドラマチックなメロドラマ、ラブストーリー、読者に対して人生観を問うようなヒューマンドラマ、ミステリアスな伝奇ストーリーやナンセンスなギャグ、諷刺や皮肉を込めた話なども見られ、子供っぽい話から大人びた話まで幅広い。このような趣向の背景には、当時担当の編集者の意向もあり、それに合わせていたと真倉が語っている<ref>文庫版13巻</ref>。また、ぬ〜べ〜以外にも、童守小の生徒たち、ゆきめや玉藻といった妖怪などにスポットを当てることで、がらっと作品の雰囲気が入れ替わることもある。採り上げる題材によって日本の妖怪編、学校の七不思議・都市伝説編、Xファイル編、ホビー編、バトル編などに分けられる。