木更津航路（川崎港 - 木更津港）を1時間で結ぶ中型カーフェリーを運航していたが、後に京浜航路（川崎港 - 日向港）への大型カーフェリー運航も開始し徐々に規模を拡大した。

1997年には東京湾アクアライン開通により木更津航路を廃止。その後2004年8月には原油価格高騰などの煽りを受け業績が悪化、分社化を実施し宮崎カーフェリーを設立。経営が悪化していた京浜航路はマリンエキスプレス、大阪・貝塚航路は宮崎カーフェリーの運航となった。

しかし2005年6月の川崎港発の宮崎港行き（京浜航路）の最終航海をもってマリンエキスプレスが分社化実施後自社運航していた航路は全て休止となった。その後2005年12月には、マリンエキスプレスの所有していた資産の売却、譲渡が始まり、特別清算が開始されている。分社化された宮崎カーフェリーの事業は引き続き行われている。