消化器系・呼吸器系・循環系・神経系・排出系などの各器官がどのような構造で、どのような配置であるかは、門によってほぼ決まっている。

消化器系は口から肛門までの管である。前方先端に口が、後方に肛門があるのが多いが、肛門が口のそばにあるものもある。旧口動物では、消化管が背面を通り、消化管の背中側を循環系が、腹側を神経系が通っているものが多い。新口動物では、消化管が腹面を通り、神経系が背中側に、循環系がその腹側に配置する場合が多い。

消化管と体壁との間にある空所を体腔と呼ぶが、体腔の有無・構造によって、動物を3つの段階に分けることができる。体腔のない無体腔類、空所はあるが中胚葉組織で裏打ちがされていない偽体腔類、中胚葉由来の体腔がある真体腔類である。

これらの形質を元に、動物の系統関係が論じられてきた。最近は、分岐分類学や分子遺伝学的情報に基づく見直しも進められており、各門の関係等については見方の大きな変更が起きている部分もある。門の範囲等については大きく変わっているところは少ない。