すべての動物は、受精卵が卵割していくと、細胞でできた中空のボールである胚胞を形成する。後生動物では胚胞の一部が陥入し、開口部が1つある嚢胚を形成する。嚢胚形成後、細胞は2層（2胚葉）または3層（3胚葉）の組織に分化する。3層の場合、各組織層は外胚葉、中胚葉、内胚葉とよばれる。外胚葉は主に表皮、神経系に、中胚葉は主に筋肉に、内胚葉は主に消化管になる。 嚢胚形成時の陥入箇所、原口が後に消化管のどちらになるかは重要で、口になる旧口動物と、同じ陥入箇所が後に肛門になる新口動物の2つに分けられる。刺胞動物、有櫛動物と扁形動物では、原口から続く消化管の反対側に、新しい口が開かず、消化管は口以外の出入り口を持たない。

発生からは分類や進化に関する知見が多く得られる。幼生の形も、分類群やそれらの間の類縁を示す場合があり、重要である。フジツボが甲殻類に含まれることがわかったときの決め手は、幼生がノープリウスであったことである。

このことを拡張したのがエルンスト・ヘッケルの反復説である。