新東京国際空港公団の業務を承継した特殊会社で、全株式を政府（国土交通大臣 90.01%, 財務大臣 9.99%）が所有し、政府から資金の無利子貸付をうけ、また当分の間出資や債務保証をうける。一方、営業年度毎の事業計画や新株発行、社債の募集、資金の借入については国土交通大臣の認可を要する。

会社の事業の範囲として、空港周辺における航空機の騒音等により生ずる障害の防止と損失補償のための諸事業が盛り込まれている。

1996年7月から第1ターミナルビル前の旧日本航空オペレーションセンタービル跡をNAA本社ビルとして使用してきたが、2007年4月1日までに、第2ターミナルビルに隣接する旧全日空マネジメントセンタービル跡に本社機能を移転した。旧本社ビルは解体され、跡地は2008年より空港利用者用の立体駐車場となった。旧本社ビルは、日本航空のオペレーションセンタービルとして、空港開港の1983年当時から存在する建物であった。ドラマ「スチュワーデス物語」のロケ地などにも使用された経緯がある。

なお、同社の略称であるNAAは、前身の新東京国際空港公団の英字略称(New Tokyo International Airport Authority :NAA)を継承した形で使用しているものと思われる。