当初スペイン当局は「ETAによる犯行」と表明し、それに追従した形でアメリカ政府もETAによるテロだと断定、スペインのテロとの戦いへの支持を表明したが、アルカイダによる犯行が明らかになっていくにつれCIAがアルカイダの犯行であると断言した。

総選挙はテロ3日後の3月14日であった。前日まではマスコミや国民の間でもETAによるテロだという話が流れていたが、選挙当日の14日朝になり、アルカイダによるものだと発表された。それとともにTVでもアスナール首相がブッシュと握手をしている前年の会見模様が報じられ、一気に野党のPSOE政権が有利となった形である。 スペイン国内ではアスナール政権がETAによる犯行説を捏造したと言う疑惑が選挙後も根強く残り、サパテロ首相はテロ事件の真相解明に取り組むとして調査委員会を設置した。これに対して野党はテロ事件に全く関係のないサパテロ首相も調査委員会の聴聞を受けるべきだという追及をしだした。