1947年に施行された地方自治法では当初、通常の市町村と同様に特別区の区長も公選とされていた。東京都の区においては、1946年9月の東京都制改正によって従来東京都長官が官吏である書記官をもって任命するとしていた区長が区住民によって公選されるものに改められており、それが地方自治法下の特別区の区長にも引き継がれた。しかし1952年の地方自治法改正によって特別区の独立性の制限と都への従属の強化が図られた。区長公選制も廃止されて、区長は区議会が都知事の同意を得て選任することとされた（これを選任制と呼んだ）。

これに関連して、渋谷区長選任贈収賄事件における刑事訴訟において、1963年3月27日最高裁判所大法廷は、特別区は憲法93条2項の地方公共団体として認めることはできないとして、区長の公選制を認めないことが憲法に反しないという判断を示した。

その後、自治権の拡充と独立性の強化を求める区の動きや美濃部都政下の住民運動の活発化、さらに区議会での区長選任が機能しないことが続いたことなどから1974年に地方自治法が改正されて1975年から区長公選制が復活した。