特別区は、基本的には基礎的自治体である「第2項・第283条）。

しかし特別区は、「法律または政令により都が所掌すべきと定めたれた事務」、および、「市町村が処理するものとされている事務のうち、人口が高度に集中する大都市地域における行政の一体性及び統一性の確保の観点から当該区域を通じて都が一体的に処理することが必要であると認められる事務」を処理することができない（同法第281条第2項・第281条の2第1項）。

具体的には、特別区は「上下水道」・「消防」などの事務に関しては単独で行うことができず、特別区の連合体としての「都」が行っている（水道法第49条、下水道法第42条、消防組織法第26条ないし第28条）。東京都は、これらの規定に基づき、東京都水道局、東京都下水道局、東京消防庁などを設置している。また、都市計画や建築確認についても一定規模以上のものについては、法令により都に権限が留保され、都が直接事務を行っている。

･なお、過去においては、旧警察法により、東京都知事の所轄と特別区公安委員会の管理の下、東京都区部を管轄とする自治体警察である警視庁 (旧警察法)が設置されていた。

･東京都区部においては、2000年3月31日までは、東京都の行政機関である「東京都清掃局」がこの地域の清掃事務を統一的に行っていたが、同年4月1日に各特別区および東京23区清掃一部事務組合に移管された。

･そのほか、他の大規模な政令指定都市が通常行っている事務・事業（都営地下鉄及び都営バスの運営、東京メトロへの出資、都立病院の運営、公立大学の設置、公営住宅の設置、霊園・火葬場設置など）も、東京都がそのほとんどを行っている。

都及び特別区の事務の処理については、都と特別区及び特別区相互の間の連絡調整を図るために設置された「都区協議会」によって協議され（同法第282条の2）、都と各特別区の相互間で調整を図っている。

その一方、特別区は政令指定都市・中核市・その他特に政令で指定された相当な規模をもつ市でなければできない行政事務のひとつである、「保健所の設置および運営」を行う責務を有する（地域保険法第5条第1項。保健所政令市参照。）など、所掌する行政事務の一部において、通常の市（町村）とは大きく異なった扱いがなされている。

税制面でも、事務事業の特例に対応した特別の制度が存在する。

通常であれば、市町村税である都民税（市町村民税法人相当分）、固定資産税、特別土地保有税、事業所税、都市計画税は都税となっている。

･このうち、市町村民税（法人分）、固定資産税、特別土地保有税は、「都区財政調整制度」（地方自治法第282条）により、財政調整の原資となり、都と特別区とで協議の上、都条例で配分割合を決め、特別区の財源不足額に応じて、財源調整交付金として各特別区に交付される。

･国有提供所在地等所在市町村交付金、国有資産等所在市町村交付金、特別とん譲与税は、通常は市町村に交付されるが、特別区の区域においては都の収入となる。

･都市計画税を原資とした都から特別区への補助金として、都市計画交付金がある。地方交付税制度上も、都と特別区の区域については、両者の基準財政需要額と基準財政収入額を算定した上で、道府県分と大都市分として合算して算定（合算特例）されることになっている。

この「特別区」制度の特殊性は、太平洋戦争中の昭和18年に、旧東京府と旧東京市が、戦時法令である旧東京都制の施行に伴って合併し、東京都が設置されるに至ったことに起因する（旧東京都制参照。地方自治法における特別区の規定は、この東京都制における区の制度を手直ししたうえで、『都』に置かれる『区』として承継したものであり、同法制定の後幾たびもの改正を経て現在に至っている。

･なお、地方自治法は第3条は「地方公共団体の名称は、従来の名称による。」 としているだけで、都を東京都に限定しているわけではないので、今後、東京都以外にも『都』が誕生すれば、そこにも特別区が誕生する可能性もないわけではない（事実、大阪市と大阪府など、合併話が浮上した地域もある）。

･一方、それとは正反対の動きもあり、財団法人特別区協議会の第二次特別区制度調査会は、戦時法令である東京都制下の区の制度を基礎とする特別区制度から脱却し、各々が独立しつつ、自主的に協力（連合）し合う「東京○○市」を目指す、という構想を出している<ref>第二次特別区制度調査会報告 「都の区」の制度廃止と「基礎自治体連合」の構想</ref>）。

現行の地方自治法における「特別区」は、「普通地方公共団体」である市町村に準ずる存在であり、「基礎的自治体」としての性格を有するものとされてはいるが（地方自治法第281条の2第2項）、他方「旧東京市」としての地位を承継した「東京都」もまた、「特別区」を包括する広域自治体の性格を有するだけでなく（地方自治法第281条第1項前段参照）、限定的ながらも、特別区の存する区域における「基礎的自治体」としての一面を併せ持っている（地方自治法第281条第1項後段参照）。そのため、特別区は自治権限こそ年を経るごとに拡大しているものの、未だ普通地方公共団体としての法的地位を完全に獲得するに至っておらず、いまもなお「東京都制」の影響、つまり「東京都」（＝旧東京市）の内部機関としての位置付けを脱しきれていないのである（特別区の制度が、地方自治法において、市町村と同じ第2編（普通地方公共団体）にではなく、普通地方公共団体の機関（財産区や事務組合など）を定める第3編（特別地方公共団体）に規定されているのも、そのためである）。

さらに、法律の要請ではないが、正規職員の採用制度にも他の市（町村）とは大きく異なった特徴がある。東京都の特別区では、正規職員の採用事務のほとんどを、全区からなる等の採用手法と同様である）。

また、行政以外の面でも、特別区と市町村とで異なった扱いをする例がある。社会人野球の都市対抗大会も、23特別区は各チームのホームタウンの特別区の名前ではなく、一律「東京都代表」という形で出場している（その他の市町村はそれぞれのホームタウンの自治体名の代表として参加している）。