全てのM249には、MILES（レーザー戦闘シミュレーションシステム）用のレーザー装備を取り付けることができる。また、サードパーティー製のフラッシュサプレッサーを取り付けることもでき、ジェムテック（Gemtech）製のものは、NATO標準のフラッシュハイダーに取り付けられるように設計されている。しかし実際にこれを取り付けると、持続射撃でサプレッサーがオーバーヒートを起こすため、あまり取り入れられてはいないようである。

M249 Para

空挺バージョン。折り畳みストック（銃床）と短いバレルが特徴。空挺部隊用として、色々な戦闘局面に対応できるようコンパクトに設計されている。

M249E4

M249をベースにしたFNミニミ・特殊用途火器（Special Purpose Weapon = SPW）で、ピカティニー・レールをフィードカバーの上に取り付け、フォアグリップを装着し、銃身を短くして、空挺スタイルの折りたたみストックM5に改修したバージョン。その他の特徴として、軽量化のため、M16マガジン用ポート・三脚装着用金具・バイポッドを廃止した。

Mk46 Mod 1

アメリカ特殊作戦軍（USSOCOM）が採用したもので、M249E4と似ているが、改良されたレール型ハンドガード、M249E4のM5ストックよりも軽い標準タイプの固定式ストック等の違いがある。Mk43 Mod 0 (M60E4 SEALsモデル) とは別物。

MK48 Mod0

ミニミの7.62mm x 51mm弾仕様タイプ、SEALs等少数にて潜入任務等をこなす特殊部隊は、少数対多数の戦いになる事が多く従来の5.56mm x 45mm弾仕様のミニミでは威力不足とし、米特殊作戦軍の要請のもと作製されたモデル。

その他

多数の米軍M249が、フィードカバー上へのピカティニーレール取り付け改造を施された。これで、M68エイムポイントのような、市販の昼夜共用の光学スコープや、低倍率スコープを取り付けることができるようになった。さらに一部のM249は、初期装備のプラスチック製固定ストックから、金属チューブ伸縮式ストックに改修された。

<gallery> Image:Canadian C9A1 MG.jpg|カナダ陸軍 C9A1 Image:Ksp90b.JPG|スウェーデン陸軍 Ksp 90 Image:CSA-2006-01-12-095303 M249SAW.jpg|ピカティニー・レール･短銃身･伸縮式ストックモデルM249 Image:MSPO2007-41.jpg|7.62mm弾頭使用モデル Image:M249 with M4 stock.jpg|派生型 専用ストック・ダットサイトを装着したM249 </gallery>