新幹線（山形・秋田新幹線を除く）の特急料金は、乗車券や在来線の特急列車のような対キロ制ではなく、各駅の区間ごとに決められた、いわゆる三角表方式となっている。

新幹線と在来線の乗り継ぎについては、一定の条件で在来線の特急・急行料金を半額に割り引く制度がある（乗継割引）。これは、新幹線が開業する前は1本の（特急等の）列車で済んでいたものが、開業したことによって複数の（新幹線と特急等の）列車に分割されることによる合計後の特急料金等の負担増を軽減することをそもそもの目的として設けられたものである。

なお、制度上在来線である山形新幹線と秋田新幹線については、新在直通運転を行うという特殊性から、以下のような取扱いになっている。

• 福島駅 - 新庄駅の区間内相互間、および盛岡駅 - 秋田駅の区間内相互間での利用の場合
  • 在来線として扱い、A特急料金を適用する。
• 東北新幹線と福島・盛岡で乗り継ぎまたは直通する場合
  • 東北新幹線区間の特急料金に、在来線区間の乗車距離に応じた特定の特急料金を加算する。この在来線区間の料金は、通常のA特急料金とそれに乗継割引を適用した金額との中間的な額になっている。

また、九州新幹線には乗継割引の制度がないが、新八代で鹿児島本線の特急列車と改札を出ずに乗り継ぐ場合は、両方の列車を通じて特定の特急料金を適用する。ただし、鹿児島本線の特急列車からさらに山陽新幹線に乗り継ぐ場合はこの取扱いをしないなど、複雑な制度になっている。詳しくは乗継割引の項を参照のこと。