新幹線の運賃は、並行在来線の営業キロを元に決められる。これは元来新幹線が並行在来線の別線増設として建設されたという歴史的経緯や、運賃計算の繁雑化を避けた事によるものである。詳しくは以下の通り。

注:「並行在来線」とは、東海道新幹線では東海道本線、山陽新幹線では東海道本線・山陽本線・鹿児島本線、東北新幹線の東京駅 - 盛岡駅間では東北本線、上越新幹線では（東北本線）・高崎線・上越線・信越本線、九州新幹線の川内駅 - 鹿児島中央駅間では鹿児島本線のこと。

• 新幹線と並行在来線は原則として同一路線とみなされる（「幹在同一視」）。そのため、新幹線を利用した場合と在来線を利用した場合とで基本的に運賃は変わらない（後述するように例外もある）。
  • 山陽本線には岩国駅 - 櫛ヶ浜駅間を含む区間について岩徳線経由のキロ数で運賃を計算する特例がある（経路特定区間）が、山陽新幹線にもこの特例が適用される。なお、山陽新幹線の実際のルートは岩徳線沿いになっている。
• 並行在来線と接しない新幹線駅については、それに最も近い（もしくは対応する）並行在来線の駅に相当するものとして営業キロを定める（例:新花巻駅は花巻駅の営業キロを用いる）。
• 並行在来線（の一部）が廃止されたり第三セクター鉄道に転換されたりして「並行するJR線」が消滅した区間（長野新幹線の高崎駅 - 軽井沢駅 - 長野駅間・東北新幹線の盛岡駅 - 八戸駅間・九州新幹線の新八代駅 - 川内駅間）については、実際のキロ数を営業キロとする。
• 幹在同一視の原則により、片道乗車券の経路に新幹線とそれに対応する区間の並行在来線の両方を含む事はできない。
  • 例として名古屋→（新幹線）→静岡→焼津と乗車する場合、静岡 - 焼津間が重複となるため1枚の片道乗車券にはできず、名古屋→静岡と静岡→焼津の別々の乗車券が必要である（連続乗車券にする事もできる）。

一方、新幹線と並行在来線とを完全に同一視すると旅客にとって不利になる場合を考慮して、以下のような例外がある。

• 並行在来線と接しない新幹線駅を含む区間（例：品川 - 新横浜 - 小田原）については別の路線として扱う。
  • 例えば大阪→新大阪→（新幹線）→名古屋→大垣と乗車する場合は、名古屋 - 大垣間を重複とせず全体を1枚の片道乗車券にする事ができる。

また山陽新幹線の新下関駅 - 小倉駅 - 博多駅間については、新幹線（JR西日本）と在来線（JR九州）とで管理する会社が異なることから、他の区間とは扱いが異なっている。

• 基本的には同一の路線として扱うにも関わらず、運賃が異なる。
  • JR九州管内となる下関以西の在来線では乗車距離に応じた加算額が課されるのに対し、JR西日本管轄の新幹線ではそれがないため。
• 運賃が異なることに起因して、片道乗車券の発売条件の判定がかなり煩雑である。規則を厳密に解釈すると、条件によっては片道乗車券でも連続乗車券でも発売できない経路が存在する。

詳しくは、旅客営業規則第16条の2、第16条の3及び第16条の4を参照。

• JRグループ旅客営業規則（JR東日本版）