新幹線では、航空機や船舶と異なり、通常の運行では乗客名簿などは整備されない。万一、転覆事故などで多数の死傷者が生じた時には、死傷者の身元特定に支障を来すのではないか、との指摘もある。もしそうなった場合、家族への連絡や事故の補償などで大きな問題となることが予想されるが、新幹線を運営する各鉄道会社はこの課題について踏み込んだ対策を採るまでには至っていない。

20世紀末から世界的に増加しているテロリズムに対しても、新幹線は脆弱ではないか、との指摘もされている。現状では航空機のような搭乗時の手荷物検査がなく、その気になれば車内やプラットホームに、爆発物や刃物を容易に持ち込むことができるのも事実<ref>過去に東海道新幹線の車内において、統合失調症患者が刃物で別の乗客を殺害する事件が生じている。</ref>である。また高架橋などの軌道設備には周囲から容易に接近できる箇所が多く、この面でもたやすくテロの対象となりうる。

なお、東海道・山陽新幹線の最新式車両N700系はデッキに防犯カメラをとりつけている。しかし、ロンドン同時爆破事件の事例のごとく、防犯カメラを取り付けてもテロに対する抜本的な予防策にはならない。また、防犯カメラの設置が「プライバシーの侵害につながらないか」と危惧する声もある。

ちなみに、JR東日本の各新幹線では、テロ対策のため、車内のゴミ箱を一切利用停止にしていた時期があったが、乗客からの不便という声が高まり、現在は利用を再開している。また、JR東海では「9.11」以降、系列の警備会社と連携し、沿線を24時間体制で巡察している。