1973年に東海道新幹線の大阪運転所（鳥飼基地）からの回送列車が脱線した事故、1991年9月30日のひかり291号（100系X編成）が、車輪が固着したまま三島駅までATC頭打ち速度（225km/h）で走行した事例、1997年に山陽新幹線の岡山新幹線運転所内で過走して脱線した事故、そして1999年に山陽新幹線福岡トンネルで通過中の列車にコンクリート片が落下し天井が破損した事故等は、安全確保に悪影響を及ぼす事例と考えられ、重大視された。

特に1990年代末期から多発したトンネルのコンクリート剥落事故は、山陽新幹線が建設された昭和40年代以降、高度成長期の建設ブームのもと、促成による手抜き施工が新幹線工事でも随所で行われていたことを露呈させたもので、JR各社は設備保全の徹底した対策を求められている。

また在来線と直通運転する山形新幹線では、つばさ号と自動車との踏切事故がしばしば発生している。この様なケースは新幹線の事故というよりは、在来線での日常的事故の範疇に属するものであるが、新幹線の在来線直通における高速運転の課題として常に想起される事例でもある。