嘉手納飛行場は米空軍の専用施設であり、戦闘機をはじめとする多数の軍用機が常駐している。加えて、軍人・兵士以外にもその家族や、軍の業務に関係する民間企業の従業員など多数の人員が所属している。このため、周辺地域に与える影響はきわめて大きい。その概要は次のようである。

• 航空機騒音

離着陸時の飛行コースは、民間地域の上空をも通る。このため、周辺地域では日常的に騒音に悩まされている。騒音軽減を要求する内容の訴訟も提起されている（嘉手納基地爆音訴訟）。

• 航空機墜落の危険

嘉手納飛行場所属機の、民間人も通常立ち入り可能な地域への墜落事故は、1994年4月4日のF15戦闘機墜落事故がある。件数は少ないとしても、住民の不安を解消するには至っていない。

• 汚染物質の漏出

2007年5月に、航空機燃料の取り扱い不手際により、約8.7キロリットルの漏出があった。1960年代から1970年代の間、PCBを含む廃油を溜池に投棄していたことも明らかになっている。これらの汚染に関し、日米地位協定の定めにより、日本側の調査権は著しく制限されている。地下水は上水道の水源でもあり、これらの汚染物質による環境汚染が懸念されている。

• 基地経済

米軍専用施設があることによって、基地周辺整備資金あるいは基地交付金、調整交付金という名目で、国から周辺自治体に補助金が支払われる。また、通称「軍雇用員」と呼ばれる、米軍が採否を決定し人件費は日本政府が負担する職種がある。これは公務員と同等の待遇であり、失業率の高い沖縄県では安定した就職先として重要である。さらに、基地内の土木建築の請負や物品の納入販売などの経済活動も無視できない。これらのほか、米軍基地への協力という国策への貢献の度合いを政府与党が評価して、振興策が提起されることもある。