日本との外交関係は概ね良好である。日本にとって初めての自由貿易協定締結相手国でもある（JSEPA）。日本-シンガポール間の貿易について、シンガポールを原産地とする貨物については、特別な関税率が適用されており、将来的には関税撤廃スケジュールに基づいて両国間の関税は撤廃される予定である。なお、2006年は外交関係が樹立して40周年であった。