豊臣秀吉による平定後、本州各地から戦国大名が転封して、大小多様な藩（地方王国）を樹立した。四国の代表的な藩には、阿波国と淡路島を領土とする蜂須賀氏の徳島藩、水戸徳川家の分家が治める高松藩、山内氏が治める土佐藩、四国で最初の親藩であり、菅原道真を遠祖とする久松松平家の伊予松山藩、仙台伊達氏の分家が治める宇和島藩などがあった。