旅客列車の列車種別の一つであり、多くの場合各駅停車である。そのため、駅の行き先表示板や列車の種別指示幕において「普通」と記載されていても駅放送では「各駅停車」と案内されることが散見される。ただし、かつて存在した京成本線の博物館動物園駅や神戸電鉄有馬線の菊水山駅などJRと同様に駅施設などによりやむなく停車する列車が限られる場合には一部の普通列車が通過することもあった。

また、普通列車・各駅停車を「普通車」と称する会社も存在する。多くの私鉄ではグリーン車等の優等車両を保有しないことから、この場合、いわゆる特別席に対してのそれではなく、特別急行列車など優等列車に対しての普通列車という意味合いで慣例的に用いられているとされる。

関西地区では慣例として「普通車」という表現を使用する会社があり、今でも南海電気鉄道や山陽電気鉄道では案内放送などで用いられている。

例えば、山陽電気鉄道では、各駅に停車する列車のことを「普通車」と呼ぶ。同社では、「各駅停車」・「普通」という表現は一切用いられず、「各駅停車」「普通」に代わる用語として用いられている。ただし文字表示では「普通」が使われ「各駅停車」・「普通車」は用いていない。ちなみに同社の優等列車には特急・S特急・直通特急があるが、いずれも特急料金は設定されておらず、乗車券のみで利用できる。また、座席のランク付けも存在しない。
この珍妙な表現の理由としてかつて山陽電車の普通車が阪神電気鉄道の大石駅まで乗り入れていたころ性能上の理由で西灘駅を通過しており、西灘に停車する阪神電気鉄道の普通と区別していたためである。 現在、山陽電気鉄道の普通車の大石乗り入れはなくなったが現在でも普通車と案内している。

また、南海電気鉄道では、難波駅 - 岸里玉出駅間の複々線の西側2線を南海本線、東側2線を高野線が使用しているが、途中の今宮戎駅と萩ノ茶屋駅は、南海本線の列車が走る西側2線にホームがない。このため、両駅を通過する南海本線の列車は「普通車」、両駅に停車する高野線の列車は「各駅停車」と使い分けている。1968年までは、南海本線の列車にも東側2線を走り両駅に停車する「各駅停車」、1970年までは高野線の列車にも東側2線を走るが両駅を通過する「普通車」があった。

関東では京浜急行電鉄が「普通車」という表現を用いる。同社では優等列車としてウィング・快特・特急・急行があるが、定期列車として乗車制限を設けている「ウィング」以外は特別な料金が設定されておらず、ウィングも快特と同じ2100形電車を使用しているため、座席のランク付けも存在しない。

第三セクター鉄道では、くま川鉄道の下り湯前行最終普通列車には通過する駅がある。また過去には、樽見鉄道の本巣 - 樽見間で早朝と深夜に通過駅のある普通列車が2006年4月20日まで1往復設定されていたほか、北海道ちほく高原鉄道でも通過駅がある普通列車があった。