JRにおいては、特急料金・急行料金が不要な旅客列車を「普通列車」といい、各駅停車とは意味が異なり、すべての駅に停車するとは限らず、乗降客が少ないなどの理由で一部駅を通過することがある。首都圏の場合はこの区別は明確だが、関西圏を含む地方では明確でなく普通列車≒各駅停車となっている。

普通列車のうち、通過駅が多い列車を旅客案内上、快速列車と呼ぶ。フリーきっぷなどで「普通列車（快速含む）」とあるのはこのためである。

特急・急行は乗車券の他に特別急行券または急行券が必要となるが、快速列車を含む普通列車は普通車の自由席であれば乗車券のみで乗ることができる。

また、特急・急行は定期乗車券（定期券）では乗車できないことが原則であるのに対して、普通列車は原則として定期券でも乗車可能である。但し、「ムーンライトシリーズ」と称される夜行快速列車群など全車座席指定制の普通列車など、定期券では乗車できないものもある。指定席車、寝台車が連結される列車には指定券、寝台券発券の都合から愛称が付けられる。