現在、JR各社では亜幹線・ローカル線を中心に運用され、非電化区間は気動車の独擅場である。客車列車は既に定期普通列車運用から完全撤退しており、少数の寝台列車がディーゼル機関車牽引で残存しているに過ぎない。北海道においては、かつて道内発着の夜行列車を「気動車で寝台客車を挟み込む」といった編成で運行していたが、2008年8月31日までに廃止している。

国鉄継承の旧型車両から、JR移行後新製の車両まで、多彩な形式が存在する。なお、国鉄時代には気動車の荷物車・郵便車も存在したが、JR移行後は、少数の事業用車両をのぞいてほとんどが旅客車である。