面積の小さなミニ国家では、首都が存在しない場合もある。

主権国家として承認されている都市国家については、1つの都市が主権を持ち国家となっているため、理論上「首都」は存在しないことになっている。シンガポールやバチカン市国がその例である。モナコの事例も外見上はこれに似ているが、同国は首都であるモナコ市のみが存在する国であるとされている。

ナウル共和国の首都は通例、政府機関が位置するヤレンであるとされているが、同国には「都市」と呼べるものが存在せず、さらにヤレンもナウルの「地区」にしかすぎず、その上にナウル政府も自国の「首都」の存在を公認していないため、ナウルには首都は存在しないとする方が正確である。