2006年6月に26の内部部局を20に削減する大幅な組織改正を実施。

最上位に位置するのは経営委員会と監査委員会で、その次に会長職が位置する。よく「会長が最高責任者」と誤解されることがあるがこれは誤りで、一般企業に置き換えると、NHKの場合は経営委員会委員長がCEO（最高経営責任者）であり、会長はCOO（最高執行責任者）になる。法改正で、最近では一般企業の中にもNHKのように経営委員会制度が導入されるようになっている。

会長1人、副会長1人、理事7人以上10人以内をもって理事会を構成する。理事会の下に次の組織が置かれる（※は外部部局扱い）。

• 監査室・考査室・コンプライアンス室・秘書室・総合企画室・放送総局・視聴者総局・労務人事室・技術局・経理局・総務局・研究所※（放送文化研究所・放送技術研究所）・各放送局※
  • 放送総局の下に、編成局・番組制作局（第1制作センター・第2制作センター・衛星制作センターその他）・報道局（政治部・経済部・国際部・社会部・スポーツ報道部・科学文化部・生活情報部・テレビニュース部・映像取材部その他）・解説委員室・首都圏放送センター※・アナウンス室※・放送技術局・国際放送局・海外総支局※（首都圏放送センターとアナウンス室は実質次項の国内各放送局と同等の扱い。各放送局ではそれぞれ「報道部」「放送部アナウンススタッフ」に対応する）
  • 視聴者総局の下に、視聴者サービス局・営業局・広報局