新幹線で運行される列車も特急列車として分類される。

1975年（昭和50年）3月まで速達タイプの「ひかり」と各駅停車タイプの「こだま」は料金に区別があった。また、1972年（昭和47年）3月までは「ひかり」は超特急、「こだま」は特急として区別していた。

1992年（平成4年）3月に登場した「のぞみ」も「ひかり」・「こだま」とは料金に格差が設けられている。ただし、2003年（平成15年）10月1日に「のぞみ」にも自由席を設定したが、これについては「ひかり」・「こだま」と同一料金である。

在来線と直通する列車も特別急行列車と定義されている。このため、博多南線運行列車や「つばさ」・「こまち」も特別急行列車である。