留学生たちを中心に第二次世界大戦前から独立への動きはあったが、第二次大戦後民族主義運動が高まり、1960年、それぞれが広範な自治権を有する北部州・西部州・東部州の3地域の連邦制国家として、完全独立を果たす。独立時は、イギリス女王を国家元首として頂く英連邦王国であったが、1963年に連邦共和国憲法を制定し、大統領制に移行した。それと同時に、西部州から中西部州を分割し、全4地域になる。

1966年、軍部によるクーデターが勃発、ゴウォン軍事政権樹立。連邦政府への中央集権化を図るため、地方を12州に再編。1967年、東部地域の有力民族であるイボ族がビアフラ共和国を建国し独立を宣言したことを受け内戦（ビアフラ戦争）になるが、1970年、イボ族の敗北で終結。

1975年、軍の民政移行派（オルシェグン・オバサンジョ、ムハメド将軍らを含む）によるクーデターが成功し、1976年ムハメド将軍は暗殺され、1977年、オバサンジョは最高軍事評議会議長に就任、新憲法を制定、1979年、大統領選挙でシェフ・シャガリが当選し、文民大統領が誕生した。しかし、多くの国民は民政化後かえって汚職や経済が悪化したと感じた。

1983年の次回選挙でオバフェミ・アウォロウォが勝ったにもかかわらず、ムハンマド・ブハリ将軍ら軍政派によるクーデターで再び軍政に戻る。彼は経済再生を約束したが、強圧的な体制を敷きかえって経済は悪化した。1985年再度クーデターが起きイブラヒム・ババンギダ将軍が実権を掌握。彼は最初人権を重視すると約束したが次第に圧制に移行した。また為替自由化などの経済改革はナイジェリアの通貨暴落を招き、何度もクーデター未遂を引き起こした。

1990年の新憲法で1992年の大統領選挙が約束され、疑問視されつつも実現したが、ババンギダは不正があったと主張しやり直させた。1993年6月の再選挙で実業家モシュード・アビオラが勝利しまたもババンギダは不正を主張したが、8月引退し一旦文民出身の側近に政権を任せた後、その3か月後の1993年11月、1980年代の2回のクーデターにもかかわったとみられるサニ・アバチャ将軍が実権を掌握した。

サニ・アバチャは1998年の民政移管を約束したが、その一方で政党や集会、出版を弾圧し、多くの政治家や民主運動家や政敵を牢獄に送り、ナイジェリアに圧政を敷き新憲法制定を延ばし続けた。彼はアフリカ随一の地域大国らしく振舞うべく、リベリアの長い内戦を終わらせ民政移管するプロセスに助力し、軍によるクーデターが起こった際はただちにリベリアに軍を派遣し文民政権を守った。これによってアバチャにナイジェリアの民政移管を期待したものもいたが、1998年やっと約束どおり告示された大統領選挙では候補者はアバチャ一人だけであった。しかし選挙直前にアバチャは心臓麻痺で死去した。後を継いだアブドゥルサラミ・アブバカールの政権のもと、1999年に新憲法が制定され、民政へ移行。かつてのクーデター軍人オルシェグン・オバサンジョが、初の民主的選挙で、大統領に当選した。2003年の選挙でも再選した。しかし彼は民主派の希望でもあった司法長官ボラ・イゲが2001年に暗殺された件にかかわったといわれるほか、ナイジェリアの汚職と腐敗が彼の時代になって最悪になったといわれ、国民の感情は好悪半ばしている。オバサンジョは腐敗政治家を次々逮捕しているが依然政府の腐敗は深刻で、多くの頭脳流出を招いている。

2006年、オバサンジョ大統領の3選を可能にする憲法改正が否決され、2007年2月、アブバカル副大統領が大統領選挙の候補者名から除外され、4月、アブバカルの立候補を最高裁が容認した。2007年4月23日、選挙管理委員会は大統領選挙で、国民民主党のウマル・ヤラドゥアが当選したと発表したが、国際選挙監視団は不正投票があったとして有効性を疑問視している。2007年8月14日、ナイジェリアの中央銀行は2008年の8月から100ナイラを1ナイラとするデノミネーションを実施する事を発表した。