意思決定は、9理事国以上の賛成票による。ただし、重要問題である実質事項の決定においては、常任理事国（P5）は拒否権を有する。5カ国のうち1国でも反対すれば決定はできない（大国一致の原則）。これを「国家主権の平等に反している」として疑問視する声も多い。他方で、五大国の一致により安保理決議の実効性を確保するという機能も認められる。賛成でも反対でもない場合は、常任理事国は棄権することができる。棄権は拒否権の行使とはみなされてはいない。

冷戦時には、米ソの対立により拒否権が濫用されて安保理は幾度も機能麻痺に陥った。このため、1950年に総会で、平和のための結集決議が採択されて安全保障に対する一定の権限が総会にも付与された。

冷戦終結後においては、米国、特に、イスラエル非難関連決議案での拒否権行使が目立つ（ブッシュ政権下での行使は8度で、7度まではイスラエル関連）。また、2003年、米英が企図したイラク戦争では、フランスが拒否権を行使しようとした。しかし、賛成少数で拒否権を行使せずとも否決される見込みとなったため、米英は安全保障理事会を無視してイラクに侵攻した。ガザ紛争 (2008年-2009年)に対するイスラエル非難及びハマースに対しても向けられた停戦決議では、アメリカが決議案投票を棄権した。

常任理事国のあり方は、国際連合が設立された第二次世界大戦時の国際情勢をそのまま反映しており、改革の必要があると言われてきた。しかし、この改革には国際連合憲章の書き換えが必要であり、それには当該5大国の賛成が必要であるため、改革が実施される見込みは薄いと考えられている。