1871年8月29日（明治4年7月14日）、廃藩置県が断行された。ほぼ前後して司法省と文部省が設置され次いで正院（中央政府）・左院（諮問機関）・右院（調整機関）が設置され、神祇官が神祇省に格下げされるなどの改革が断行された。更に同時に人事面でも改革が進められ、太政大臣に三条実美・参議に西郷・木戸・大隈・板垣が就任して、これに岩倉と万里小路博房が政府内に留まったものの他の公家・諸侯は悉く職を免ぜられ、また旧来通りの宮中の女官の排除も行われた。更に位階制を廃止して15階からなる官等制（文官は3等・武官は4等以上を勅任官、7等以上を奏任官、それ以下を判任官とする）を導入した。これによって、天皇が親臨・親裁形式で太政官以下を率い、三大臣がこれを輔弼して参議・卿を指揮する（従って参議以下には輔弼責任はなかった）という明治の太政官制の基本形式と薩長土肥出身者によるいわゆる藩閥の原点か確立したのである。