基本的には秋季大会の成績に、地域性を考慮して決定。ここで出場28校と補欠（各地区につき1、2チーム程度）を選出。しかし野球と何ら関係のない地域性という選考基準を、商業的理由により採用するに対して、批判の声が存在する。

• 北海道: 1
• 東北: 2
• 関東（4）・東京（1）: 6
• 東海: 2
• 北信越: 2
• 近畿: 6
• 中国（2）・四国（2）: 5
• 九州: 4

（後述する明治神宮大会枠・21世紀枠は除く）

• 関東・東京、中国・四国の括弧内は各地区の出場校数。残り1校は両地区を比較した上で選出する。しかし、特に中国・四国においてこの比較選考を疑問・批判する声も少なくない。
• 東京大会のみ関東の枠組みから外れて、単独開催となっている。それゆえ、1位校と2位校が揃って選出されるケースが多い。この実質的な”東京の二校枠”に付いては、「選抜の不思議」として揶揄されている。背景には、毎日新聞東京本社の意向が反映していると見られている。
• かつては近畿地区の枠は7校であり、2府4県から1校ずつ選ばれてもさらにもう1校枠があった。そのため近畿のいずれかの府県からは必ず2校選出されていた。