鉄道はJR線5路線があるが、北に隣接する大分県とともにJR線（旧国鉄）以外の普通鉄道がない。なお、2007年まで延岡駅から第三セクター鉄道の高千穂鉄道高千穂線が分岐していた。

• 九州旅客鉄道（JR九州）
  • 日豊本線
  • 日南線
  • 宮崎空港線
  • 吉都線
  • 肥薩線

以上の路線は全区間単線となっており、徳島県と並んで単線のみの県となっている。ただし、徳島県の佐古駅～徳島駅間は単線並列区間であるため、広義での複線区間がない県は宮崎県のみである。