平成の大合併

• 田野町・佐土原町・高岡町を宮崎市へ編入（2006年1月1日）
• 都城市・山之口町・高城町・山田町・高崎町→都城市（2006年1月1日）※新市制
• 南郷村・西郷村・北郷村→美郷町（2006年1月1日）
• 北方町・北浦町を延岡市へ編入（2006年2月20日）
• 東郷町を日向市へ編入（2006年2月25日）
• 小林市・須木村→小林市（2006年3月20日）※新市制
• 北川町を延岡市へ編入（2007年3月31日）
• 日南市・北郷町・南郷町→日南市（2009年3月30日）※新市制

全国的に行われている市町村合併による新規市制の発足に於いて、新しい名称の市が誕生しなかった数少ない都府県（他に東京都、大阪府、神奈川県、山形県、鳥取県）のひとつである。