台湾独立運動の起源は、日清戦争後の日本による台湾出兵（牡丹社事件に関する台湾出兵とは別）にまでさかのぼる。しかし、この時に宣言された「台湾民主国独立宣言」（後述）は、真に台湾を独立させることを意図したというよりは、台湾を日本へ渡さないための清朝側の謀略という側面が強かった。

日本統治時代の台湾独立運動にも、大きな盛り上がりは見られず、日本帝国の一植民地としての自治権強化の運動や、大日本帝国憲法を台湾にも施行して日本内地の住民並に参政権を獲得する運動などが主流となった（参政権は属地主義だったので、戦前は日本内地在住の台湾人にのみ選挙・被選挙権があった）。

1945年（昭和20年）の日本敗戦後も台湾独立運動は起こらず、中華民国への「祖国復帰」を多くの台湾人が大きな抵抗もなく受け入れている。

しかし、実際に中華民国の軍隊が台湾に上陸しその統治が始まると、台湾人の多くは腐敗した国民政府に失望し、台湾人と「中国人」の違いを次第に自覚するようになった。戦後の台湾独立運動は、このような出発点に立ち、中華民国体制を克服し、大陸の中華人民共和国による支配をも拒絶する運動、即ち「中国人」ではなく、「台湾人」として生きるための運動として展開されている。

現在の台湾独立派の最も有力な理論は、「台湾は日本が敗戦によって台湾を放棄した時点で国際法上の独立を果たしており（中華民国を台湾が領有するという国際条約は存在しない）、戦後の台湾には台湾共和国と亡命中華民国が並存しているとしている」というものである（以上は民主進歩党の立場。李登輝の国民党時代の理論は別）。そして、その上で中華民国の政治体制を変革することを目標としている。この運動は、泛緑連盟によって支持されているが、一方で中華民国の中国再統一を志す泛藍連盟による強い反発を受けている。

台北政府が中華民国体制からの正式な独立宣言をした場合、「一つの中国」を主張してきた中華人民共和国は台湾を回収する根拠を失うため、同国は「武力解放」を明言して台湾を絶え間なく恫喝し続けている。アメリカや日本の政府は、大規模な戦乱を恐れ、「台湾独立」に慎重な立場を取っているが、これらの国々の政府や民間に親台湾派は決して少なくない。