日本国債は日本国内の全ての都市銀行・地方銀行・第二地方銀行、ゆうちょ銀行（郵便局会社がゆうちょ銀行代理業者となる郵便局貯金担当を含む）、一部の信託銀行、協同組織系金融機関（JAバンク・信用金庫・信用組合）、証券会社で購入できる。

個人向け国債については、現在東京スター銀行では販売取扱が無く、通常の国債（利付国債等）の取扱いが無いネット証券では取り扱っている会社がある。

日本国債は入札方式により銀行・証券会社・生損保等の金融機関が購入し、これがその他の機関投資家や個人に販売される。また、財投債という形で郵貯・簡保・年金資金運用基金が引き受けている部分もある。平成17年度以前は「シンジケート団（シ団）引き受け」と呼ばれる金融機関や共同で引き受ける方式も行われていたが、平成17年度末をもって廃止された。流通においては、通常の売買、レポ・現先といった貸借取引の他、日銀によるオペレーションも大きな役割を担っている。

なお、現在は国債のペーパーレス化により、証券での受け渡しはされなくなっている。機関投資家以外の一般的な個人向けには、以前より証券を販売金融機関に保護預かりする制度があり、銀行・協同組織系金融機関・ゆうちょ銀行の場合、総合口座に「国債（公共債）保護預かり口座」をセット（担保に組み込む）すると、総合口座普通預金の残高が不足した場合に、国債預かり残高の一定額（ゆうちょ銀行の場合は額面の80%まで）を限度に、「総合口座担保定期預貯金」と同様に、自動融資（口座貸越）・担保自動貸付けが受けられる場合がある。ただし、足利銀行など、取扱いを取り止めた、または取り扱わない金融機関もある。ゆうちょ銀行(旧郵便貯金)の場合は、「国債保護預かり口座帳」で直接貸付を受けることも可能である。

保護預かり口座は、ゆうちょ銀行・旧郵便貯金の様に通帳状にした「国債保護預かり口座帳」があるが、それ以外の金融機関ではその様な物は発行せず、利払日や手続き毎に保護預かり口座の内容をステートメント形式で郵送する方法が主流となっている。（ゆうちょ銀行・郵便局でも都度ステートメントは発送している。）

一部の銀行・証券会社では「国債保護預かり口座管理料」の名目で保管料を徴収するところがある。また、ゆうちょ銀行では国債購入以前に国債保護預かり口座を開設する場合は200円の口座開設手数料が発生する。