1996年4月24日、1審の初公判（阿部文洋裁判長）。公判では突如英語を話したり、居眠りをしたりなどの異常な行動が目立ち、しばしば裁判長から注意や退廷命令を受ける。起訴案件の罪状認否に関しては留保した。

日本テレビはここから、麻原から松本と本名で報道するようになった。その後、民放全局や、産経新聞や東京新聞などを除く殆どの新聞社も本名で報道するようになった。NHKは結審まで麻原と称したが、その理由として芸能人に値すると述べられている。

1997年4月、保留していた罪状認否について、起訴された17事件のうち16事件で無罪を主張（駐車場経営者VX襲撃事件のみ留保）。2000年10月5日、検察側は長期裁判を避けるため被害者がいない薬物密造など4事件の起訴を取下げ、案件を13事件に絞り込む。

2003年4月、1審の論告求刑公判で死刑を求刑され、松本は「わが国の犯罪史上最も凶悪な犯罪者」と指弾された。同年10月31日、弁護側が「一連の事件は弟子たちの暴走であり被告は無罪」旨の最終弁論を行い結審。東京地裁での麻原被告の公判回数は254回に上った。2004年2月27日、一連の事件に対して東京地方裁判所（小川正持裁判長）は求刑通り死刑の判決を言渡した。これに対し弁護側は東京高等裁判所に即日控訴した。

1審を担当した国選弁護団は終了後全員が辞任し、後を引き継いだ私選弁護団は1審判決後、松本が弁護団の問いかけに一切反応せず意思疎通が不可能であることや、弁護側が依頼した6人の精神科医が彼には裁判を受ける能力がないと意見していることなどを挙げ、裁判の停止を求め、控訴審の開始のために必要な控訴趣意書の提出を、2005年8月31日の期限を過ぎても拒み続けていた。

控訴審の開始手続きに関連して、裁判所側が依頼した医師による精神鑑定も行われたが、この鑑定で松本には裁判を受ける能力があるとされたことを受け、2006年3月27日に東京高等裁判所は、弁護側の控訴を棄却する決定をした。この控訴棄却の決定は、控訴審の審理が結審した後に下される控訴棄却の判決とは異なり、控訴趣意書が正当な理由なく期限までに提出されなかったため、刑事訴訟法の規定に従って、控訴審を開始せずに裁判を打ち切るという決定である。

弁護団はこの決定に対し、同年3月30日に東京高等裁判所へ異議申立てを行ったが棄却された。さらに同年9月15日、最高裁判所は特別抗告も棄却し、松本への死刑判決が確定した。また東京高裁は同年9月25日に控訴趣意書の提出遅延に関して、日弁連に対し「審理の進行を妨げた」として、刑事訴訟法に基づく処置請求を行い、担当した弁護士2人の処分を求めたが、日弁連側は2007年2月15日に処分を行わない決定を下した。なお東京高裁は弁護士会にひきつづき懲戒請求をする方針である。