水域によって隔絶された路線を連絡するため、鉄道連絡船を運航した。青函、宇高、宮島、仁堀、大島の5航路が存在し、仁堀、大島航路は廃止、ほかの3航路はJR北海道、JR四国、JR西日本が継承した。