第二次世界大戦後の国有鉄道はインフレーションに加え、復員兵や海外引揚者の雇用の受け皿となったため、GHQ占領下における運輸省の1948年度国有鉄道事業特別会計は300億円の赤字となって財政は極度に悪化していた。官民を問わず労働争議が頻発する社会情勢の中、GHQのダグラス・マッカーサーは、国家公務員の争議を禁止する一方、国家権力の行使とは関係ない国の専売事業や国有鉄道などの国営事業を一般の国家公務員から除外し、公務員より緩和した一定の労働権を許すことで効率的な事業経営を目指す、独立採算制の公共企業体 (Public Corporation) 設置を勧告する書簡を出した。

国有鉄道事業を継承する政府出資の新法人「日本国有鉄道」の設立を定めた「日本国有鉄道法」は、1948年11月30日に国会を通過した。日本国有鉄道は1949年4月1日に発足する予定だったが、運輸省鉄道総局側の準備が遅れ、1949年6月1日にずれ込んだ。社会的には単に運営が行政官庁直轄から国の独立組織に移行したに過ぎず、ほとんど注目されることはなかった。

国鉄は発足後、ただちに職員9万5000人の人員整理に着手。それが引き金になったとされた「三鷹事件」や「下山事件」が発生するなど、労務政策面では大きな混乱が見られた。また経営面では、戦時設計の粗悪な車両や地上施設が原因となった「桜木町事件」などの重大事故が発生したが、一方で特別急行・急行の復活など輸送力の回復を強力に推進した。戦時体制のまま継承した地方機関の「鉄道局」「管理部」も再編し、鉄道局を地方支配人に、管理部を鉄道管理局にそれぞれ改組した。