国鉄の予算案は運輸大臣に提出され、大蔵省との大臣折衝を経て閣議決定後、政府関係機関予算の一つとして国会に提出された。また自己資金、借入金、鉄道債券の発行で調達する「資金計画」を4半期ごとに定め、4半期開始日の20日前までに運輸大臣、大蔵大臣、会計検査院に提出することが義務付けられていた。

収入支出予算は損益勘定、資本勘定、工事勘定、特定債務整理特別勘定の4勘定が設けられた。

損益勘定における収入は、運輸収入、雑収入と、国の一般会計からの助成金受入、収入不足を補てんする資本勘定からの受入が充てられた。助成金受入は1960年代まで損益勘定収入の0.1%程度で推移していたが、財政状況の悪化で1970年代以降増加した。また損益勘定の収入不足拡大に伴い、1970年度で資本勘定への繰り出し支出を打ち切り、1971年度から資本勘定からの受入に踏み切った。日本国有鉄道再建法成立直前の1978年度予算では、助成金受入（工事費補助金、地方交通線特別交付金など）が7%、資本勘定からの受入が15%に達し、損益勘定収入の4分の1近くが助成金と借入金で占められた。

資本勘定の収入は資産充当、鉄道債券及び借入金、国からの貸付金及び補助金が充てられた。このうち鉄道債券及び借入金は、1960年代まで資本勘定収入の50%前後だったが、損益勘定の収入不足補てんのために資本勘定から繰出支出を行うようになったことから、借入金を中心に急速に増加。1978年度予算では資本勘定収入の95%を占めた。

工事勘定は鉄道施設の整備工事費や新幹線建設費などを支出するもので、全額を資本勘定からの受入でまかなった。また特定債務整理特別勘定は1976年に新設されたもので、国から償還費用の無利子貸し付けと利子補給を受ける形で棚上げした長期債務の一部（特定債務）を扱った。