国内線機材では、旧日本エアシステムの機材（マクドネルダグラスMD-87など）の退役を進め、小規模路線にはボーイング737-800型機を、中規模以上の路線にはボーイング777-200やボーイング777−300型機を導入している。中でも羽田-新千歳、那覇等の高需要路線には747-400D型機が運航されている。反対に旧日本航空が乗り入れていなかった空港には、トーイングカーなどの地上機材が対応していないためボーイング747・777は乗り入れできない。2003年4月に旧日本航空の乗り入れが中止された空港も、両機種用の地上機材が撤収されたため同様である。

• ボーイング 737-800増備中…ボーイング社の新中型航空機で、165席(クラスJ：20席/エコノミー：145席)と置換え対象のボーイング737-400やマグドネル・ダグラス87/81型機よりも座席数は増加しているが、その一方で燃費が向上しており収益性が高い。2008年4月からはJEX所属機としての導入が進んでいる。

• ボーイング 747-400D 8機 …国内線向けとしては最大規模の機材。通常は546席仕様（クラスJ:80席/エコノミー:466席）で運航される。
• ボーイング 777-300 7機 …国内線機材としては、747-400D型に次いで大きな機材。座席数は-400D型より1割少ない500席仕様（クラスJ:78席/エコノミー:422席）で運航されている。
• ボーイング 777-200 15機 …旧日本航空と旧日本エアシステムの両方で使用されていた機材。日本航空出身の機材はファーストクラス設定のために改修され375席（ファーストクラス:14席/クラスJ:82席/エコノミー:279席）仕様となり、総席数は397席から減少したが、人気のクラスJは6席減にとどめられた。また、日本エアシステム出身の機材は、380席（クラスJ:50席/エコノミークラス:330席）で、当時のままとなっている。なおクラスJは日本エアシステム時代のスーパーシートとレインボーシートがそのまま使用されている。この型が国内線機として最後の「鶴丸」塗装機（機体番号:JA8985、愛称:プロキオン）となった。

• マクドネル・ダグラス MD-81 13機 …旧日本エアシステムから引き継いだ機材であり、この13機の他に5機がローカル線子会社のJALエクスプレスで運航されている。通常は163席仕様で運航される。2010年頃までに退役予定であり、後継機材はボーイング737-800型機と決定している。
• マクドネル・ダグラス MD-90 16機 …旧日本エアシステムから引き継いだ機材。正式なスペックはMD-90-30型である。かつて旧日本エアシステムが黒澤明がデザインした塗装「7色の虹」を施し、運航した事でも有名な機材。通常は150席仕様（クラスJ:18席/エコノミー:132席）で運航される。
• 、主に短距離向けの787-3型と置き換えられる予定。
• エンブラエル170 …JALの子会社であるJ-AIRが導入し2009年2月1日より名古屋（小牧）－福岡路線に就航。座席数は76席でクラスJやファーストクラスはない。初号機の登録番号はJA211J。