これまでに世界中の航空会社として最大の機数を発注するなど、ボーイング747シリーズ（現在運航しているのは−300と−400）が1970年代から現在に至るまで日本航空を代表する機材となっているが、最新鋭機に比べて燃費などの運航コストに劣ることから、近年は−300の引退や−400の貨物機への改修が進んでいる。また、経年化が進み運航コストや整備コストがかさむ上に、航空機関士が必要なボーイング747-300や、日本エアシステムから引き継いだマクドネル・ダグラスMD-81の退役が2009年内に予定されている。なお、これらの退役機の代替として、2006年度から2008年度中にボーイング737「ネクストジェネレーション」を19機新規導入しており、国際線にも随時投入する予定であるほか、数年中にボーイング787を4機新規導入し、その後も追加導入する。日本では保有機数は最多を誇るが、エアバス社の航空機は1機も自社発注していない。

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