新規参入航空会社が格安運賃で対抗してきているにもかかわらず、近年までは、日本航空と全日空、日本エアシステムの大手3社が「片方が動けばもう一方が追随」の結果、日本の航空業界を支配する両社の運賃に大差はなく、その差額が数百円程度に収まっていた上、なぜか運賃改定が両社とも数日以内に行われていたことから、「事実上のカルテル」だと揶揄されることも多かった。

しかし、一時期は国内線における全日空との差別化は運賃にまで及び「片方が動けばもう一方が追随」というそれまでとは異なる状況になっていた（特に顕著な例としては、全日空がバースデー割引を廃止して28日前までの予約で実質同運賃並みの運賃設定となる「旅割」を展開するのに対し、日本航空はバースデー割引を維持したまま、前述の「旅割」と同系の28日前までの予約で大幅割引の「先得割引」を新設するなど、運賃面でこれまで個人客向け運賃に弱かったと評されていた日本航空が全日空より優位に立つなど、様々な戦略の変化が見られていた）。しかしその後の価格競争の激化によって、2007年現在では再び大きな差がなくなってしまっている。

なお、2008年4月には「ビジネスきっぷ」を発売した。マイルが100％積算され、最大で41％の割引となる。搭乗当日まで購入できることが特徴である。なお、繁忙期では往復運賃(ただし、往復運賃対象期間外は普通運賃)と同額になっており、文字通り当日購入するビジネス顧客をターゲットとした運賃である。なお、予約と同時にファーストクラスの予約もできる。