統合後の危機的な経営状況から脱し始めた2006年頃からは、従来のサービスに加えて、一部上級クラスにおける炊き立てご飯の提供などの日本的なサービスの開始、ファーストクラスやビジネスクラス、エコノミークラスへの快適性を増した新型シートや機内エンターテイメントの導入を行っている<ref>WING DAILY 2008年6月11日「JAL、国際線新シート導入でプレミアム戦略を加速 」1</ref>。また、外国発のビジネス客の取り込みと乗り継ぎやネットワーク拡充、マイル加算の多様化などの利便性向上の一環として、2007年4月1日に世界的な航空会社アライアンスの1つである「ワンワールド」へ加盟した。これに併せてハブ空港の1つである成田国際空港では、「ワンワールド」加盟各社の第2ターミナル集結に合わせて、成田国際空港と共同でチェックインカウンターのリニューアルも行われた。一方ソフト面では、日本人客室乗務員の語学力向上などにも力を入れ始めている他、香港や上海、サンパウロやフランクフルト、ロンドンなどで採用した外国人客室乗務員による外国人旅客向け対応を強化している。

併せて同年度からは「プレミアム戦略」を進め、上記にあるファーストクラスやビジネスクラスへの新機内サービスの導入に加え、プレミアムエコノミークラスの導入や日本の航空会社としては初の成田国際空港におけるマイレージ上級会員や上級クラス専用のファスト・セキュリティレーンの導入を行ったほか、同空港に日本最大の面積を持つ空港ラウンジを新たに導入するなど、「プレミアム戦略」のもとで上級クラスおよびマイレージ上級会員に対するサービスを特に強化しており、ハード、ソフト両面のサービス向上が行われている<ref>「JALグループ プレミアム戦略を加速」2</ref>。

また、同時期には、収益率の強化を狙った新しい運賃体系の導入やマイレージサービスの積極導入を行ったほか、ファーストクラスとエグゼクティブクラス、エコノミークラスに新型シートを導入したボーイング777-300ERを2008年8月からニューヨーク線に、同年9月からサンフランシスコ線へ導入、他の路線にも随時導入を進めている。また、サービス強化に併せて、燃費効率の悪く機内サービス面でも劣るボーイング747-300など旧型機種の退役を進め、その一方で新機材であるボーイング777-300の導入を進めている他、2006年度から2008年度中にボーイング737-800「ネクストジェネレーション」を19機新規導入する。また、2009年中をめどにボーイング787を新規導入し、国際線にも投入する予定である<ref>「JALグループ、2008年度路線便数・機材計画を策定」3</ref>。

この様な機内外における各種サービス向上の施策が評価されたこともあり、2008年10月に発表された旅行専門誌「コンデナスト・トラベラー（アメリカ版）」によるサービス格付け「Top 25 Airlines」の国際線部門において、日本を含む北東アジアの航空会社としては最上位の5位にランクされた<ref>"International Routes"「Top 25 Airlines, The Hot List 2008」 Conde Nast Traveler, Condé Nast Publications</ref>。