帝都高速度交通営団（以下、営団）の民営化については、1995年の閣議で南北線もしくは半蔵門線が完成した頃を目途に、第一段階として特殊会社化する方針を閣議決定した。その後、2001年12月に当時の小泉内閣が約160あまりの特殊法人・認可法人を対象とした特殊法人改革基本法を閣議決定し<ref>鉄道ジャーナル 2003年3月号(No.437) P.103 東京地下鉄株式会社(RJ ESSENTIAL)</ref>、その中で営団を半蔵門線延長開業後の翌年である2004年春に特殊会社化することを決定した。このような民営化は国鉄民営化と比較されることがあるが、国鉄民営化の場合は巨額の債務によって実質的に経営破綻を起こしていたのに対し、営団は国の行政改革の一環として特殊法人改革を行っていたことに由来する。そのため経営には問題はなく、また地下鉄建設の必要性が残っており民営化には反対意見が多かったが、営団も例外とせず民営化の対象とした<ref>鉄道ジャーナル 2004年7月号(No.453) P.59 東京の地下鉄と一元化論</ref>。同法案作成時に新会社名を「東京地下鉄株式会社」と定めたことから新会社名もこの段階で事実上決定した。

新会社では、新株発行・代表取締役選定など重要な事項に関しては行政機関との協議・認可が必要であるが、事業計画・決算は国（国土交通大臣）への報告のみとなる。またそれ以外の関連事業・社債募集などは営団時代では国の認可が必要であったが、新会社ではこれが不要となる。その他、発足段階では国と東京都が新会社へ出資（出資率は国が53.4%、都が46.6%）しているが、将来的には全株式を上場させ、完全民営化させる計画になっている。