1963年9月5日、一連の「草加次郎事件」中、最も重大な事件となった「地下鉄銀座線爆破事件」が発生した。銀座線京橋駅に到着直後の列車最前部座席下（車両最前部まで座席を持つ、半室運転台構造の戦前型車であった）に仕掛けられた手製の時限爆弾が爆発。乗客13名が重軽傷を負った。翌日女優の吉永小百合宛に、草加次郎名で100万円を要求する脅迫状が送付されるが、未遂に終わり、以後行方をくらました。犯人は検挙されないまま1978年9月5日に時効が成立した。

1995年3月20日、「地下鉄サリン事件」が発生した。日比谷線・丸ノ内線・千代田線などに、化学兵器として使用される神経ガスサリンが散布され、乗客や駅員ら12人が死亡、5,510人が重軽傷を負った。銀座線・東西線・半蔵門線も当日終日運休した。詳細は地下鉄サリン事件を参照のこと。